Microsoft a annoncé la prise en charge du support de SQL server 2016 Standard et Entreprise pour ConfigMgr 1606 uniquement.
Attention, ni la version 1511, ni même la version 1602 ne sont supportés avec SQL Server 2016. Il vous faudra donc monté votre version de SCCM avant de mettre à jour votre moteur SQL.
Lien vers TechNet : ICI